為了達到企業的需求，同時防止交叉污染，GMP凈化車間的搭建需要專屬的材料，這樣才能有效組織外部污染的流入，同時又能預防內部空氣的流出。還有過濾除塵、氣流組織換氣、過濾效率等對于車間結構材料的選用，也有明確的要求。所以，GMP作為強制性標準，是有很強的指導意義的。
車間地面通常都有防靜電的要求，可以選用高級耐磨塑料地板，性價比高的也可以考慮環氧氣流平地坪。同時，地面還應該要堅固、不滲水以及容易清潔，表面要平坦且不容易積水。為了確保凈化車間擁有合適的氣流，送風口必須要確保高效，最好是采用不銹鋼的框架，結合沖孔網板，既不容易生銹，還不沾灰塵。
另外，凈化車間的送風管道也是十分重要的，它的好壞決定過來氣流組織以及換氣的效率，建議選用熱鍍鋅板制作而成的送風管道，同時結合凈化、保溫效果都比較好的材質，在這方面不妨選擇阻燃型的PF發泡塑膠板，它的性能已經得到了很多企業的認可，能夠確保擁有良好的性能。
車間的墻面不僅要美觀、潔凈，同時要具有易清洗和消毒的特性，材料最好是無毒、防水、防霉且不易脫落。此外，凈化車間的門窗應該具備防蟲、防塵以及防鼠的設備，和圓弧的墻角一樣應該選用專用氧化鋁型材料打造而成。車間的頂面要不容易凝結水球，可以采用50mm厚的夾心彩鋼板，堅固、美觀又容易清潔。
